Preuzeo je predsjedništvo nakon atentata na Anwara Sadata i ostao je na toj poziciji punih 30 godina.

Odstupio je s vlasti nakon demonstracija za vrijeme egipatske revolucije 2011. godine i prenio ovlasti Vrhovnom vijeću oružanih snaga. 13. travnja te iste godine egipatsko tužiteljstvo odredilo je 15-dnevni pritvor Mubaraku i obojici njegovih sinova zbog istrage korupcije i zlouporabe položaja.

2. lipnja 2012. egipatski sud osudio je Mubaraka na doživotni zatvor. Nakon izricanja kazne, Mubaraku se pogoršalo zdravstveno stanje. 2017. je ipak pušten na slobodu.